一般液氮罐使用一年后，要清洗消毒一次。清洗时要先用中性洗涤剂洗刷，再用不高于40℃的温水冲洗干净，将水排净，用鼓风机吹干，待内胆充分干燥后，才可再充装液氮。液氮罐内的液氮挥发完后，所剩遗漏物质(如冷冻精子)很快融化，变成液态物质而附在内胆上，会对铝合金的内胆造成腐蚀，若形成空洞，液氮罐就会报废，因此液氮罐内液氮耗尽后对罐子进行刷洗是十分必要的。
具体的刷洗办法如下：首先把液氮罐内提筒取出，液氮移出，放置2—3天，待罐内温度上升到0℃左右，再倒人30℃左右的温水，用布擦洗。若发现个别融化物质粘在内胆底上，一定要细心洗刷干净。然后再用清水冲洗数次，之后倒置液氮罐，放在室内安全不宜翻倒处，自然风干，或如前所述用鼓风机风干。注意在整个刷洗过程中，动作要轻慢，倒人水的温度不可超过40℃，总重不要超过2kg为宜。
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