1、疼痛。疼痛是冷冻治疗时常有的不良反应，几乎都有程度不同的疼痛，多数情况下疼痛是能够忍受的，但也有不少患者疼痛剧烈难于忍受，有的疼痛者难以入睡，有的则会发生疼痛性休克。
2、水疱、血疱。解冻后局部出现轻度肿胀、小水疱或血疱是冷冻术后常有的不良反应，一般不需要特别处理，1~3天后会逐渐消退。对冷冻术后局部肿胀严重、起大水疱或血疱，疼痛减轻后又复加重时，应引起重视，多为头面、手足部位病灶较大。
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3、继发感染。由于冷冻治疗过量或术后护理不当，水/血泡、血疤擦破或挑破，可引起渗液、糜烂、感染、甚至溃疡。
4、色素沉着。色素沉着是冷冻术后的常见并发症，其形成原因与冷冻剂量过大、痴皮提早强行剥脱、日光照射、体质因素和饮食习惯等有关，如扁平疣、雀斑、有色斑冷冻愈后留有的色素沉着。对于冷冻术后的色素沉着，一般3~6个月后可逐渐变淡或消失。
5、色素减退/脱失。冷冻治疗后局部引起色素减退常是由于病灶较深使用冷冻剂量较大，以致色素缺失，多数可在3~6个月逐渐恢复正常，但有的始终变白不消退，甚至毛发亦变白，严重影响美观。
6、疤痕。疤痕形成常是病灶较大较深、冷冻剂量较大、术后感染等因素造成，在术前应告知患者留疤可能（如血管瘤），但操作应谨慎细致，术后防止感染是减轻或避免疤痕的有效措施。
7、其他。冷冻过程中偶有患者会发生荨麻疹、头痛、发热、过敏反应、心眼反应、心脏传导阻滞等不良事件。
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